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乙肝病毒一旦感染肝后，病毒会进入核并激发新的传染性病毒颗粒产生，这些病毒颗粒会被释放到血液中。与此同时其会在肝中制造出来大量的病毒蛋白质，这些蛋白质不是被释放到血中是在肝脏中用于合成病毒颗粒。
乙肝病毒有一套独特的复制方式。乙肝病毒和反转录病毒(如人类缺陷病毒)相似，在循环往复的病毒不断复制中将RNA反转录成是很重要的一个步骤。但乙肝病毒又不同于反转录病毒，乙肝病毒在复制过程是要进入宿主的的。而且乙肝病毒通常不直接破坏肝，而是在被感染的表面表现出特异性抗原物质，肝表现的抗原物质再引发反应而造成肝炎。被感染的肝成了(主要是毒性T淋巴)攻击和破坏的目标。由于不断有病毒复制，所以机体不断进行病毒清除，也出现了持续的肝损坏，后取代受损害肝的不是健康的新而是纤组织，这种纤化过程将导致肝硬化，肝功能降低，甚至后还会出现致命的肝脏疾病。
